Насколько мне известно, 
ссылка на js файл делается примерно так
<script type="text/javascript" src="путь_к_файлу.js"></script>
	
	| Сообщение от Wizout | 
	| где можно располагать ссылки на файл с js кодом в html документе? | 
	
Думаю, тут идет речь о расположении тега <script> в документе. Если так, то все зависит от того, что делает скрипт. Можно до загрузки документа, можно после. Я для отладки часто вешаю на onload.