Боты уже года два, как научились испольнять js, с каждым месяцем они испольняют js все качественнее. Для этого у каждой поисковой системы есть спец боты, которые эмулируют почти все, Юзер Агент чаще всего берут от IE, подставляют вымышленный реферер, и определить такого бота можно только по частоте захода на сайт и по хуизу. такие спец боты плюют на robots.txt и на nofollow.
С помощью JS я ставлю рекламу! А например гугл бот автоматически понижает рейтинг сайта из-за рекламы, если только это не реклама гугладс.

Поэтому например если с помощью Js определить стоит ли на браузере флеш, и получить true, т.е. =1, то у спец бота, который испольняет js вряд ли стоит флеш и у него будет false.
Как я уже писал для firefox проблем нет(navigator.plugins), но для Ie я столкнулся с проблемой определить установлен ли флеш для IE.
Помимо флеша можно определять квиктайм и т.д.
Поэтому лучшим способом было бы определить количество плагинов в браузере.