во-первых надо очишать таймер интервала после того как строка выведена полностью, иначе вызов функции m_line так и будет происходить каждые 150 миллисекунд... Во вторых запуск интревала тогда лучше производить из функции start...
var line="Текст бегущей строки здесь";
var i, timer, speed=150;
function start(){
document.cit.forum.value=" ";
i=0;
timer = setInterval('m_line()',speed);
}
function m_line() {
if(i++<line.length) {
document.cit.forum.value=line.substring(0,i);
}
else{
clearInterval(timer);
setTimeout('start()',5000);
}
}
<table width="500" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tr><td>
<form action="" name="cit" id="cit">
<input type=text size=80 name=forum style="border: 0px; background-color: #ff9900; color: Black;">
</form>
</td></tr>
</table>
</center>
<script language="JavaScript">
start();
</script>