Код:
var matrix = [ ['93.53766,56.255941','5','234'], [4,5,6] ];
...
geoPoint: new DG.GeoPoint(matrix[0][0]),
собственно туда должны передаваться координаты, если 93.53766,56.255941 поставить все нормально, а в массив же значение такое не поставишь - запятая.