[Dr.Kleiner]

Всё! Нашёл способ!
Можно юзать так:

<script>
$(document).ready(function runIt() {
      $("#Logo").wait()
              .animate({"opacity": 0},100)
              .wait()
              .animate({"opacity": 1},1000);
    }	
	);
</script>

Предварительно настроив ID (id="Logo") у элемента и выставив style="opacity: 0;".