var links = ['javascript.ru', 'yandex.ru', 'google.ru'];
function setHref (id){
if(id) $('.targetLink').attr('href', links[id+1]);
};
честно говоря не знаю наверняка, умеет ли js работать с файловой системой, но можно придумать такой вариант: в отдельном файле links.js создаёте вот такой массив с нужными ссылками, а потом подключаете файл до запускаемого скрипта.