[melky]

а не могли бы вы пример написать маленький? а то просто еще не совсем ас в js ((
например есть test.php в нем есть функция aler();
в этом test.php подключен test.js, и как из этого test.js запустить функцию aler();

всё просто : вы должны определить эту функцию в глобальной области видимости до загрузки скрипта, использующего оную

test.php :

<script>
function aler(){alert("Hello World!");}
</script>

<script src="file.js"></script>

file.js :

aler();