1) не вижу смысла в таком счетчике. Если пользователь час находится на одной странице, то сомнительно, что его интересует сайт. Можно в принципе каждую минуту на 1 его увеличивать. setInterval позволяет выполнять код с заданным интервалом
2) а что при переходе на другую страницу будет происходить? Если надо запоминать текущее значение для каждого пользователя, то его можно хранить в document.cookie
3) не пользуйся document.write:
document.getElementById('#counterDiv').innerHTML = 'текущее значение';
p.s. java - это не javascript