А что Вам мешает увеличить z-index первому DIV_у?
<html>
<body>
<script>
var div1 = document.createElement('DIV');
div1.style.cssText = 'position:absolute; left:50px; top:50px; width:200px; height:100px; background-color:#FF0000; z-index:1';
div1.innerHTML = 'внутренний';
div1.onclick = function(){alert('внутренний')};
document.body.appendChild(div1);
var div2 = document.createElement('DIV');
div2.style.cssText = 'position:absolute; left:10px; top:10px; width:400px; height:200px; border:1px solid #0000FF;';
div2.innerHTML = 'внешний';
div2.onclick = function(){alert('внешний')};
document.body.appendChild(div2);
</script>
</body>
</html>