А вы вызывали функцию? menu_clicked(num) тем более что ее надо вызывать с аргументом типа 333 или 'привет' вот пример
function menu_clicked(num)
{
document.cookie='menu_num='+num+';max-age='+ 86400+ '; path=/;';
}
menu_clicked(55)//здесь в скобках можно написать что душе угодно (если засовываете пременную то писать ее надо не в кавычках)
var allcockies=document.cookie;
var pos=allcockies.indexOf('menu_num');
alert(pos);