[devote]

Собственно мну то показал не про саму регулярку, а удобное добавление - изъятие регеспов из оной,

ну а кто мешает это делать?

var text = '.НПКП "Кузнецкий Мост" производит лучшие в мире частные предприятия ,ООО "Вася" и ч/п "Коля". ООО "Труляля" Чпонин А.А -> "Труляля" Чпонин А.А ЧП Онин А.А -> Онин А.А т.е. Товарищ Иванов А.А. должен остаться без изменений, а ТОВ Иванов А.А. должен стать просто Ивановым. ля-ля-ля,О\\ОО ля-ля ООО';

var words = [
    "ТОВ",
    "ООО",
    "ДП",
    "НПКП",
    "ЗАО",
    "ОАО",
    "ЧП",
    "СПД",
    "ЧП",
    "ФОП",
    "ФЛП",
    "ФЛ",
    "НПП",
    "МП",
    "фирма",
    "компания",
    "частное предприятие",
    "предприятие",
    "ч/п",
    "OOO",
    "интернет-магазин",
    "интернет",
    "магазин",
    "TM",
    "ТМ"
];

var re = new RegExp( "(^|[\\s~`!@#№\\$%\\^&*\\(\\)_+\\-=\\[\\]{};':\"<>,.\\/\\?\\\\\\|])(" + words.join("|").
    replace( /\\/g, "\\\\" ) + ")([\\s~`!@#№\\$%\\^&*\\(\\)_+\\-=\\[\\]{};':\"<>,.\\/\\?\\\\\\|]|$)", "ig" );

text = text.replace( re, "$1☺$3" );
 
alert( text );

Сиди да добавляй себе слова