Вариант
Deff-а наверное самый простой, если в window.onload, то флаг устанавливаться будет и не в глобальной переменной.
Можно и так:
<style>
#first {
width: 20%;
background: lightgrey;
margin: 2%;
}
#second {
width: 20%;
background: red;
}
</style>
<div id='first'>first</div>
<div id='second'>second</div>
<script>
window.onload = function () {//onload begin
var first = document.getElementById('first');
var second = document.getElementById('second');
first.onmouseout = function () {
document.onmousemove = function (e) {
e = e || window.event;
var element = document.elementFromPoint(e.clientX, e.clientY);
if (element == second) {
alert('ушли с первого пришли на второй');
document.onmousemove = null;
}
}
}
}//onload end
</script>