не очень понятна цель этих действий, зачем <br>, <br> можно заменить на \n
<textarea></textarea>
<div>
function <br><br><br> f() {
alert('');
}
</div>
<script>
window.onload = function () {
var div = document.getElementsByTagName('div')[0];
var textarea = document.getElementsByTagName('textarea')[0];
textarea.innerHTML = div.innerHTML.replace(/\n/g, '').replace(/<br>/g, '\n');
}
</script>