[bes]

Если дело только в одной кнопке, то можно отключать её обработчик на время загрузки
Для примера

<button>click</button>

<script>
window.onload = function () {
	var but = document.body.children[0];

	function countdown () {
		but.onclick = null;
		var count = 5;
		var int = setInterval(function () {
			but.innerHTML = 'loading... ' + count--;
			if (count == 0) {
				clearInterval(int);
				but.innerHTML = 'click';
				but.onclick = function () {
					countdown();
				}
			}
		}, 1000)
	}
	
	but.onclick = function () {
		countdown();
	}
		
}
</script>