[cyber]

я устанавливаю координаты относительно zooming (блока в котором лежат карта и точки)

points.each(function() {

  var coords = $(this).offset();
  var zoomCoord = zooming.offset();
  
   $(this).css({
	  left: coords.left - zoomCoord.left +'px',
	  top: coords.top - zoomCoord.top +'px'  
	     
	   
	   });

и потом просто получаю координаты из самих точек (беру тот вариант который делал изначально, так как работают они одинаково и твой и мой)

var left = parseInt($(this).css('left'));
var top = parseInt($(this).css('top'));

и потом умножаю их на зум