все таки дело не в отступе
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<style>
#wrapper {
position:absolute;
}
#wrapper > a{
top:50px;
left:70px;
width:30px;
height:30px;
background-color:red;
position:absolute;
border-radius:50%;
}
</style>
</head>
<body>
<div id='wrapper'>
<img src='http://worldofwarplanes.ru/dcont/fb/media/contest_24_02_2012/graf_grob.jpg'>
<a href='https://www.google.com.ua/'></a>
<div>
<a href='#' onclick='newSize()'>size</a>
<script>
function newSize() {
var zoomL = 1000 / 640;
var zoomT = 1000 / 480;
_('img').style.width = 1000+'px';
_('img').style.height = 1000+'px';
_('a').style.left = 70 * zoomL+'px';
_('a').style.top = 50 * zoomT+'px';
}
function _(selector) {
return document.querySelectorAll(selector)[0];
}
</script>
</body>
</html>