Вообще-то он выполнится и загрузит в <head> скрипты.
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Example</title>
</head>
<body>
<div></div>
<script type="text/javascript">
function setElement(element) {
return document.createElement(element);
}
window.onload=function() {
var str='<!-- OYY.ru -\->',
script=setElement('script');
script.type='text/javascript';
script.innerHTML="<!--\noyy_banner_id=\'00000\';document.write('<sc'+'ript type=\"text/javascript\" src=\"'+('https:'==document.location.protocol?'https':'http')+'://ad.oyy.ru/oyy.js?rnd='+Math.round(Math.random()*100000)+'\"></sc'+'ript>');\n//-\->";
document.body.children[0].innerHTML=str;
document.body.children[0].appendChild(script);
};
</script>
</body>
</html>
А вот если убрать "\n" с начала и с конца, скрипт не выполнится и просто добавится в <div></div> как вы и просили.