Php, в силу специфики, я использую без фреймворков(надоело, они тяжелые и противоречат концепции php), только одна библиотека накопилась за время. Основная часть должна быть на клиенте, имхо. А раз так, то php это лишь маленькая прослойка между клиентом и базой
javascript
: jquery и свой, не было бы своего использовал бы sencha, собственно оттуда часть и позаимствована в виде идей, но т.к. он тяжелый и злой, а мне нужен легкий и добрый, то написал свой.
В остальном у меня нет никаких предпочтений, кроме - не пихай в проект то, что не нужно или громоздко. Когда ты пишешь год, то ищешь золотые решения и лучшую библиотеку, когда ты пишешь пять лет, то просто берешь то, что нужно для проекта.