[melky]

делаете без JS скриптов, запускаете php скрипты, смотрите на html, и пишите JS скрипты по нему

Для примера скрипт в файле function.php, а элемент который нужно изменить в index.php

и что? JS имеет дело с выводом php, коим является html - они не работают вместе.

Внутри php файла, alert('a'); выводиться, а вот следующий алерт уже нет =(

alert'ы, как и другие элементы DOM, находятся только в браузере.

если писать просто alert(hint); то выводит null
как к нему обратиться?

значит вы пытаетесь найти элемент, когда его ещё нет на странице.

переместите скрипты перед закрывающим тегом тела страницы (</body>)