хм интересно.
ну через php ещё так наверно можно, просто 1000 копий запроса скормить mysql попробывать (может получится

)
$test=" запрос";
for($i=0;i<1000;i++){
$prep=$prep.$test;
}
$start=time( ) ;
//здесь выполним запрос prepare
.....
$result1=time()-$start;
а голый mysql ХЗ
надо нет ковырять