Десктопное или веб приложение всётаки ?
сейчас нет проблем поднять десктопное приложение на htlml и javascript. К примеру Metro приложения для Windows 8 можно писать на html и javascript. Можно написать на HTML5 и javascript приложение для смартфона/планшета, можешь посмотреть в сторону проектов PhoneGap и ему подобных.
Если веб приложение, то тут две стороны, клиент+сервер.
на клиентской стороне особенно выбора нет
а вот на серверной вместо PHP/C# можно использовать к примеру javascript(node.js), или чуть более экзотические питон и руби, или даже делфи (правда комп для сервера придётся пожертвовать свой, или выделенный на винде брать
короче пару тысяч в месяц тратить, на содержание сайта гы
).
Веб приложение это всегда чуточку сложнее чем обычное, ведь в веб приложение используется клиент серверная архитектура, но как мне кажется веб приложение более интересно.