Php скрипт отработает и завершиться на тот момент когда html с javascript'ом окажется в браузере. Следовательно всё что вы можете, вызвать скрипт ещё раз передав ему значение переменной через get/ post/ put запрос. Вызов скрипта обычно привязан к какому-то событию, к примеру нажатие на кнопку.
в какой момент должна произойти передача данных ?