[dmitriymar]

Strekodza,
при смене прозрачности -браузер всякий раз между итерациями перерисовывает страницу. Поскольку скрипт и перерисовка происходят в одном потоке происходит примерно так.
хоть и задаёте паузу фиксированную между итерациями, но след. будет выполнена не раньше чем браузер перерисует -а для этого время может быть всякий раз различно.
Разнесите всё так, тем же абсолютным позиционированием(в этом случае блок "выпадает" из общего потока), чтоб изменения в одном блоке не задевали другие, не тратилось время на перерисовку того что не изменилось, ну и минимизируйте время перерисовок- уменьшением количества элементов в перерисовываемом -если необходимо .