[Gvozd]

не совсем понимаю как JS мешает индексации сайта?
и вообще не совсем понятно, что хочет автор.
если вы хотите, что скрипт подключался из внешнего файла, то для этого есть параметры тега <script>

<script type="text/javascript" src="file.js"></script>