Видоизменил на следующее:
$.fn.separation = function(){
var target = this.text();
this.attr('basicValue',target.match(/\d+/g)); //создаём атрибут специальный куда запишем начальное значение, для того что бы, можно было к нему обратится при необходимости
var re = /(?=\B(?:\d{3})+(?!\d))/g;
this.html(target.replace( re, ' ' ));
}
В итоге:
1. Оборачивать только цифры теперь не надо, буквы отсекаться будут
2. Ставим атрибут "separation" на общий тег
3. В этом теге создастся ещё один атрибут "basicValue", где будет лежать начальное значение, без разделения (только цифры). При необходимости от туда можно брать значение