[ksa]

коряво, говнокод-ли это и тд

По мне так это

if (bottomTotalSumElem > clientWindow + scrollWindow && bottomTotalSumElem > clientWindow) {
...
}

Уже говнокод...

Тут else явно лишнее

if (target.tagName != 'TD') {
         return;
         }
        else {
         document.countForm.addRowButton.disabled = true;
         correctNumber(target.parentNode);
        }

Так же не совсем понимаю создание большего количества переменных, которые используются один раз в программе...

var tr = tb1.tBodies[0].insertRow(0);
    var td1 = document.createElement('TD');
    var td2 = document.createElement('TD');
    showSum(); // Добавили строку - перещитываем координаты
    tr.appendChild(td1);
    tr.appendChild(td2);

    td1.innerHTML = '<input type="text" size="6" name="formNumber" >';
    td2.innerHTML = '<input type="button" value="Сохранить"  name ="saveButton" onclick="checkResult(this)"> ';

Как вариант...

var o = document.createElement('TD');
    o.innerHTML = '<input type="text" size="6" name="formNumber" >';
    tr.appendChild(o);
    o = document.createElement('TD');
    o.innerHTML = '<input type="button" value="Сохранить"  name ="saveButton" onclick="checkResult(this)"> ';
    tr.appendChild(o);