Если один из сравниваемых - число, то делается попытка второго сделать так же числом. Если две строки, то начинается посимвольное сравнение (используются коды символов). Где то на этом сайте было очень четко расписано, что и как сравнивается. Может найдется здесь:
http://javascript.ru/ecma