[dmitriymar]

Каким образом я получу подтверждение наведение на зеленый треугольник курсора мыши в данном примере, если поверх него наложен еще один канвас с желтым треугольником?

применить ко всем canvas метод isPointinPath . а он применяется к конкретной канве , а не к картинке на экране
взять то, где максимальный з индекс канвы(если он есть, или поднять идентификаторы свои "слоёв канв") и существует точка.

Или вы canvas называете каждый новый "слой" на одной canvas? Тогда терминологию учить однозначно для начала