Уж, даже и не знаю, что может быть. Хочу уточнить, что если ты после перезагрузки станицы кликаешь то не срабатывает на 1 раз ? Тогда это просто состояние чекбокса нужно задать вручную, должно пофиксить.
<input
type="checkbox"
name="param_{$params[i].optionID}_{$params[i].variants[j].variantID}"
value="yep"
id="filter-checkbox-{$params[i].variants[j].variantID}"
class="filter-checkbox dodgy-checkbox" checked="checked">