Для такого объекта добавление сообщения на сайт будет выглядеть:
$('body').append('<div>' +messegeData.messeges[i] + '</div>');
В таком формате время через которое надо удалить сообщение можно задать сразу, при создании элемента, и вам не надо будет проверять пришло ли время его удалить.
Надо будет отслеживать только момент при котором необходимо создать этот элемент.