Ну... Например , если говорить о том же Аяксе. AdSense реклама с ним не очень дружит. Но вить можно выводить баннер через фрейм?
Или вот еще. Скажем, есть у нас сложная структура, вроде этого форума. Я хочу прикрутить к ней огромную скриптовую дуру, с собственной структурой, интерфейсом и тп. Которая, скажем, будет как-то задействована в создании сообщения: переводчики, поисковики и тп. Не легче ли запихнуть ее интерфейс во фрейм, и синхронизировать параллельными запросами - не легче, но не факт
Вот собственно...