способов много, если страница еще не загрузилась, то можно
document.write("<script language='javascript' src='путь к файлу'></script>");
а если страница загрузилась то
var script = document.createElement('script');
script.type = 'text/javascript';
script.src = 'путь к файлу';
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);