а, блин туплю... Во фреймах вообще не надо body. Тег FRAME - это и есть body.
Вобщем попробуй так
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<frameset cols="15%,85%">
<frameset rows="94%,*">
<frame name="contents"></frame>
<frame name="coord"></frame>
</frameset>
<frame name="main"></frame>
<script type="text/javascript">
document.frames.main.innerHTML='test';
</script>
</frameset>
</html>
ЗЫ: фреймы - зло.