[Aetae]

Это зависит от файловой системы и способа работать с этой файловой системой. В твоём случае помечается каждый отдельный файл(точнее стирается упоминание о нём).
В популярных фс ничего в фоновом режиме не чистится, т.е. файлы остаются на месте до того как будут перезаписаны - это какбэ общеизвестно.