Ну естественно, ведь если у Вас страница загружена, то document.write() уже работает по другому.
Создайте любой тэг и дайте ему уникальный ID, и вставляйте туда содержимое.
<span id="popShow"></span>
function PopShow3() {
setTimeout(function() {
document.getElementById('popShow').innerHTML = 'ку ку';
}, 30000)
}
document.onmouseover = PopShow3;