[skrudjmakdak]

подключаем jquery, дабы с ним проще работать:
<script type="http://code.jquery.com/jquery-1.10.2.min.js"></script>
и пишем аякс запрос:

<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
var getUrl = function ()
{
 $.ajax({
   type: "POST",
   url: "getUrl.php",
   success: function(msg){
     console.log(msg);
     //вот эту msg и нужно использовать для проверки
    if (msg == 'urlsait')
            document.getElementById("popShow2").style.display="none";
   }
 });
}

setInterval(getUrl, 5000); //интервал запроса 5 секунд
});
</script>

п.с. danik утверждает, что лучше писать скрипты перед </body>.))