var date = new Date();
if( ! $.cookie('fancybox_show') ){
// запускаем fancybox
$.cookie('fancybox_show', date.getTime(),{ path: "/", expires: 1}); // кука будет жить 24 часа
// date.getTime() - не обязательно даже, просто на всякий знать когда был запущен последний раз
}