bartle96, если прописать в style.php нужный header, то всё получится.
header('Content-type: text/css; charset=windows-1251');
echo '
body {
background-color: #FF0000
}';
function addCSS(url) {
var a = document.createElement('link');
a.href = url;
a.rel = 'StyleSheet';
a.type = 'text/css';
document.head.appendChild(a);
}
addCSS('style.php');