http://javascript.ru/tutorial/events/intro
там говориться, что js однопоточный. функции выполняются одна за другой и не возможно выйти из функции.. (за исключением return) просто так. т.е. остановить скрипт. вот один пример остановки цикла:
var t = setInterval(function(){console.log(1);}, 1000);
setTimeout(function(){clearInterval(t);}, 10000);
также остановку такого цикла можно привязать и к клику