Насколько я знаю закрыть джаваскриптом можно окно открытое джаваскриптом же. То есть window.close можно сделать окну которое было сделано при помощи window.open.
В хроме если очень надо есть грязный трюк, в фф вроде не работает
window.open(window.location, '_self').close();