Потому что в другой функции код работает с оригинальным массивом:
//Соответствие с тональностью
if(radios[2].value=="Не соотносить с апликатором"){
if(k>0){
if(krug.indexOf(alt)<k && radios[0].checked)valton++;
if(krug.indexOf(alt)>6-k && radios[1].checked)valton--;
}
}
Переменная alt - это элемент массива;
Переменная k - количество знаков.