[Urfin]

Как скорость, так и прозрачность можно устанавливать в числах.
Скорости в jquery следующие (в милисекундах):
speeds:{
slow: 600,
fast: 200,
// Default speed
_default: 400
},
А прозрачность измеряется от 0 до 1 (0.1, 0.2, ...)
Cкрипт будет выглядеть так:

$(document).ready(function(){
 	setTimeout(opa, 1000);
	function opa(){
  		$(".pane").animate({ opacity: 0 }, 500);
	} 
});