Как скорость, так и прозрачность можно устанавливать в числах.
Скорости в jquery следующие (в милисекундах):
	speeds:{
		slow: 600,
 		fast: 200,
 		// Default speed
 		_default: 400
	},
А прозрачность измеряется от 0 до 1 (0.1, 0.2, ...)
Cкрипт будет выглядеть так:
$(document).ready(function(){
 	setTimeout(opa, 1000);
	function opa(){
  		$(".pane").animate({ opacity: 0 }, 500);
	} 
});