Я разобрался, на это ушло очень много времени =) Может кому то пригодится
файл: popup.html
<!DOCTYPE html>
<head>
<title></title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"/>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css">
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="popup.js"></script> //файл popup.js должен подключаться именно тут
</head>
<body>
<div id="bodyWalp">
<h2>Пароли от сайтов</h2>
<ul class="list"></ul>
</div>
</body>
</html>
файл: popup.js
$(document).ready(function(){
var asd = "111";
$('ul.list').append('<li>' + asd + '</li>');
});
Как стало ясно в popup.html нельзя писать js, только подключать