| 
		
			Сообщение от Antarius
			
		
	 | 
	| 
		цикл работает не правильно
	 | 
	
Он работает правильно.
	
	| 
		
			Сообщение от Antarius
			
		
	 | 
	| 
		конце выводит не 5, а 6
	 | 
	
Потому как цикл закончился при этом значении переменной i.
	
	| 
		
			Сообщение от Antarius
			
		
	 | 
	| 
		Нужно чтобы выскакивало сообщение до тех пор пока юзер не напишет число больше 5
	 | 
	
Как вариант...
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<!--
<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="tmp.css" />
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1251">
-->
<style type="text/css">
</style>
<script type="text/javascript">
while (true) {
	var i = Number(prompt("Введите любое число больше 5"));
	if (i <= 5){
		alert("Вы ввели "+i+" , Пожалуйста введите число больше 5");
	} else {
		alert("Спасибо, вы ввели "+i);
		break;
	};
}
document.write("Число "+i);
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>