[denisjs]

function timer(min, sec) {
  var b = 1, a = 60 * min + b * sec, e = document.getElementById("time"), f = setInterval(function() {
    a--;
    10 > a % 60 ? b = "0" : b = "";
    e.innerHTML = Math.floor(a / 60) + ":" + b + a % 60;
    a || (clearInterval(f), alert("всё!"));
  }, 1E3);
}
timer(0, 5);

<div id='time'></div>

не очень понял вопрос, вот набросал обычный таймер )