Надо создать объект 3д
megalit = new THREE.Object3D();
Все твои кубы сунуть туда
megalit.add( cube );
megalit.add( cube1 );
megalit.add( cube2 );
И добавить объект на сцену.
scene.add( megalit );
Кубы уже добавлять на сцену не нужно.
Потом уже в рендере вращать мегалит. Он будет как единое целое