[рони]

zub_samata,
так у вас должно быть

$(document).ready(function(){
      $(".main").onepage_scroll({
        sectionContainer: "section",
        responsiveFallback: 600,
        loop: true,
        afterMove: function(index){
               if (index=="1")
                 $('#menu').removeClass('on_top');
             else
                 $('#menu').addClass('on_top');
         }
      });
		});

afterMove: function(index) здесь индекс куда пришли
beforeMove: function(i) здесь индекс откуда хотим уйти
индексы в плагине с 1 а не с нуля