Во-первых, непонятно для чего скрипт выдерать из одного места и вставлять в другое?!
На самом деле все счётчики нужно выносить в пост-загрузку. Например, если вы один вынесли, а второй нет, то последний может затормозить событие onload, поэтому на него (событие) вешать не всегда хорошо. Пост-загрузка: перед закрывающимся тегом </body> ставим примерно такой код:
<script type="text/javascript">
var js=document.createElement('script');
js.src='counter.js'; // Устанавливаем путь для внешнего скрипта, если таковой нужен;
js.type='text/javascript'; // Установим тип скрипта (для правильности).
// Если в тело скипта необходимо вставить JS-код:
js.appendChild(document.createTextNode('AC_FL_RunContent = 0;')) // Добавляем JS-код.
document.getElementById('scriptPaste').appendChild(js); // И добавляем его в нужное нам место на странице.
</script>
И так со всеми счётчиками. После вставки - счётчики сами подгрузятся браузером. Для экономии можно оформить как отдельную функцию и подгружать нужные нам скрипты. Ещё можете посмотреть другой готовый вариант
тут.