А почему не сделать так:
$('#ID').append('<script type="text/javascript" src="http://an.yandex.ru/system/context.js"></sc' + 'ript>');
или вообще тупо в html
<script type="text/javascript" src="http://an.yandex.ru/system/context.js"></script>
?
Ответ же на конкртеный вопрос банален:
:
var oldWrite = document.write;
document.write = function(str) { $('#ID').append(str) };
// code
document.write = oldWrite;